Мать — из крепостных, отец происходил из государственных крестьян и успешно занимался лесным промыслом. «Я сын мужика, выросший среди народа» — указывал Наживин в автобиографии (1922). «Литературная энциклопедия» в 1934 году строго указывала о его происхождении — «сын кулака». После смерти матери, когда мальчику было четыре года, воспитанием его занималась бабушка и «родным гнездом» Наживина стала деревня Буланово Владимирской губернии; в восемь лет он пошёл в школу, о которой позже вспоминал — «тюрьма».

В 1902 году Наживин женился гражданским браком на некрещённой еврейской девушке, студентке Лозаннского университета Анне Ефимовне Зусман, и после окончания ею университета Наживины приехали в Россию. Жили сначала в Полтавской губернии, затем в лесном домике на Волге.

Революцию 1905 года Наживин воспринял как предвестие большой катастрофы (его роман этого периода продуманно назван библейскими словами «Менэ… тэкэл… фарес…»). Отношение к ней он выразил так: «Хорошо и то, что на нашу долю выпало счастье застать хоть немного старой Руси», теперь «началось великое нравственное падение русского народа», «вся страна кипела кровью и всё гуще наливалась злобой».

После Октябрьской революции 1917 года Наживин оказался на стороне Добровольческой армии, примирился с оставшейся для него непонятной Православной церковью и стал выразителем ностальгии по старому порядку. Был сотрудником деникинского и врангелевского Освага, печатался в одесской газете «Южное слово». В 1920 году эвакуировался в Болгарию, затем жил в Югославии, Австрии, Германии и, наконец, поселился в Бельгии.

При неприятии большевистской «чрезвычайщины» для писателя не было характерно идеализировать белогвардейцев и представителей уходящей России. Он с горькой иронией рисует нежизнеспособное сообщество, не готовое к самообороне и не отвечающее задачам России.

После бегства из России стал одним из крупнейших литераторов эмиграции и создателем издательства русских эмигрантов в Германии «Детинец». На современников огромное впечатление произвёл его сборник рассказов для детей «Зеленя» (Берлин, 1922) с его светлым настроением, удивительным для беженцев. Своё отношение к событиям 1917 года он выразил в мемуарах: «Записки о революции» (Вена, 1921), «Среди потухших маяков. Из записок беженца» (Берлин, 1922), «Накануне. Из моих записок» (Вена, 1923).

Его капитальный исторический роман «Распутин», изданный впоследствии на нескольких европейских языках, стал первым крупным произведением о Г. Е. Распутине. Он имел большую прессу в Европе и Америке, но совсем не был замечен в советской печати. Особая позиция И. Ф. Наживина в осмыслении событий революции, гражданской войны и деятельности эмиграции; его резкость и нетерпимость привели к конфликту писателя с русским зарубежьем. Следующие пять лет стали временем плодотворной работы Наживина в жанре исторического романа; в 1929—1930 годах вышел на русском языке в разных странах цикл его романов из русской истории: «Казаки» (о восстании Степана Разина), «Глаголют стяги…» (из эпохи князя Владимира Святославича), «Бес, творящий мечту» (о временах Батыя), «Кремль. Хроника XV—XVI вв.», «Во дни Пушкина», «Мужики» В 1929—1933 годах были написана религиозная трилогия: «Евангелие от Фомы», «Иудей», «Лилии Антиноя».

В 1930-х годах он создал эпитафию Толстому: «Неопалимая купина (Душа Толстого)». В это же время интерес читающей публики привлекла его книга «The dogs» (Philadelphia; London: J. B. Lippincott Co., 1931).

И. Ф. Наживин заявил о себе также как писатель-фантаст, издав сборник «Во мгле грядущего: фантастические повести будущего» (Вена, 1921), романы «Остров блаженных», «Собачья республика». В сборник «Во мгле грядущего» вошла повесть «Искушение в пустыне» — антиутопия о коммунистической колонии на уединённом острове, где коммунисты забывают об общем труде, отдавшись уничтожению друг друга, и прекращают взаимное уничтожение, только разделив земельные участки. Многие произведения И. Ф. Наживина были переизданы значительными тиражами в начале XXI века.